Przypuszczalnie około 1044 r. książę Kazimierz Odnowiciel zakłada opactwo.
XI/XII w. – Budowa bazyliki i zabudowań klasztornych. Około 1125 r. legat papieski, kardynał Idzi z Tuskulum, poświęca kościół i wystawia dokument potwierdzający posiadłości opactwa.
XIII/XIV w. – Opactwo zostaje zniszczone podczas najazdów tatarskich oraz walk o tron krakowski pomiędzy księciem Władysławem Łokietkiem a zwolennikami czeskich Przemyślidów. Budowa zamku-rezydencji opatów.
XV w. – Budowa drugiego kościoła poświęconego w 1463 r. oraz nowych gotyckich krużganków i zabudowań.
XVI w. – Rozkwit opactwa. Przebudowa części zabudowań w stylu renesansowym.
XVII w. – przebudowa kościoła w stylu barokowym.
XVIII w. – Rozbudowa południowego skrzydła klasztoru, gdzie umieszczona zostaje biblioteka. Konfederacja barska (1768–1772). W opactwie zamienionym w twierdzę konfederaci stawiają silny opór wojskom rosyjskim. Opactwo wchodzi w obszar pierwszego zaboru austriackiego. Benedyktyni raz jeszcze odbudowują klasztor.
XIX w. – Cesarz austriacki w 1816 r. kasuje opactwo. W latach 1821–1826 ma siedzibę w Tyńcu biskupstwo, przeniesione następnie do Tarnowa razem ze skarbcem kościoła i znaczną część biblioteki. W 1831 r. pożar trawi dachy opactwa. Klasztor staje się ruiną, a ocalały kościół przejmuje parafia. Ostatni mnich tyniecki umiera w 1833 r.
XX w. – W latach 30. belgijskie opactwo św. Andrzeja w Brugii staje się ośrodkiem formacji polskich powołań benedyktyńskich. Grupa mnichów wraca do Tyńca 30 lipca 1939 r. Podjęte dzieło przetrwało okres wojny i lata komunizmu. Odbudowa zespołu klasztornego trwała od 1947 do 2008 r.